O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.

In the year 2022, thousands of people get trapped in a new virtual MMORPG and the lone wolf player, Kirito, works to escape.

Kagami meets Kuroko, the 6th member of the Miracle Generation, and they make a pact to defeat the other members of the team. A battle of light (Kagami) and shadow (Kuroko) begins.