O que reúne grandes amigos? Para Daphne, Velma, Fred, Salsicha e o cãozinho Scooby-Doo, é um mistério! Literalmente! Este longa-metragem leva os fãs de volta no tempo, para quando nossos quatro heróis eram adolescentes novatos no assunto – sempre acompanhados por um cão detetive – e tiveram seu primeiro encontro profissional. Injustamente acusados de encenar uma piada sobre fantasmas, os garotos são suspensos do colégio. Para limparem seus nomes, eles se unem para resolverem um mistério sobrenatural... E se envolvem em uma aventura repleta de bom humor.

Evan é um jovem que luta para esquecer fatos de sua infância. Para isso, ele decide realizar uma regressão onde volta também fisicamente ao seu corpo de criança, tendo condições de alterar seu próprio passado. Porém, ao tentar consertar seus antigos problemas, ele acaba criando novos, já que toda mudança que realiza gera consequências em seu futuro.