Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Momentos antes do nascimento de Naruto Uzumaki, um enorme demônio conhecido como o Kyuubi, a Raposa de Nove Caudas, atacou o vilarejo da folha oculta Konoha, causando destruição. Para pôr fim à devastação de Kyuubi, o líder da aldeia, o quarto Hokage, sacrificou sua vida e selou o monstruoso animal dentro do recém-nascido Naruto. Agora, Naruto é um ninja hiperativo e cabeça dura que ainda vivem em Konoha. Evitado pelos demais habitantes por causa da Kyuubi dentro dele, Naruto se esforça para encontrar seu lugar na aldeia, enquanto o seu ardente desejo de se tornar o Hokage de Konoha o leva a conhecer alguns grandes novos amigos, e também alguns inimigos mortais.