Em Xangai, um ex-campeão de artes marciais mistas e herdeiro de uma corporação multibilionária jurou nunca mais lutar no ringue depois de matar acidentalmente seu oponente durante sua última luta. Mas quando seu irmão é morto em um torneio de boxe underground, ele não tem escolha a não ser se juntar a Maiwen, uma informante da polícia, para investigar a morte dele - e eles acabam descobrindo uma grande conspiração.

Quando um atleta da escola pediu para Ellie Chu escrever uma carta de amor por ele, ela não imaginava que virariam amigos. E pior, que ela se apaixonaria pela crush dele.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo (Keanu Reeves) tem sua mente presa em um local que fica entre a Matrix e a realidade, do qual apenas poderá sair com a ajuda de Trainman (Bruce Spence). Após perceberem que as ondas cerebrais de Neo são idênticas as de uma pessoa conectada à Matrix, Trinity (Carrie-Anne Moss) e Morpheus (Laurence Fishburne) buscam a ajuda da Oráculo (Mary Alice) e Seraph (Sing Ngai). Trinity, Morpheus e Seraph vão em busca de Merovingian (Lambert Wilson), que possui controle sobre Trainman e pode libertar Neo. Após obterem sucesso no resgate, o trio se divide em duas missões: Enquanto Morpheus e a tripulação de duas naves parte rumo a Zion, na tentativa de ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity se dirigem à Cidadela das Máquinas.