Passaram-se dois anos desde que Sam Witwicky e os Autobots salvaram a raça humana e tentam ter uma vida normal: Sam está começando a faculdade, enquanto os Autobots trabalham com uma organização militar secreta e tentam construir uma casa para eles na Terra. Porém, um antigo Decepticon conhecido como 'The Fallen' aparece para se vingar, então Sam e sua namorada Mikaela precisam desvendar a história dos Transformes e achar um caminho para derrotá-lo.

Eventos estranhos ocorrem em um submarino da Segunda Guerra Mundial.